药店刷医保卡销售药品需缴纳的税种主要包括‌增值税‌和‌企业所得税‌，其中‌医保资金结算部分通常免税‌，但自费部分需按实际收入计税。具体税率与药店纳税人身份、经营规模及地方政策相关，‌一般纳税人增值税率为13%，小规模纳税人适用3%或1%的简易征收率‌，企业所得税基准税率为25%（符合条件的小型微利企业可享优惠税率）。

‌增值税计算与税率‌
药店通过医保卡结算的销售收入分为医保基金支付和患者自费两部分。医保基金支付部分因属于社会保障性质资金流转，通常不计入药店应税销售额；患者自费部分则需全额缴纳增值税。若药店为一般纳税人，销售药品适用13%的增值税率；若为小规模纳税人，按3%的征收率计税（2023年阶段性政策可减按1%执行）。

‌企业所得税的缴纳规则‌
药店全年收入扣除成本、费用及免税部分后，需按应纳税所得额缴纳企业所得税。年应纳税所得额低于300万元的小型微利企业，可享受分段优惠：100万元以下部分按5%，100万至300万元部分按10%。例如，年利润150万元的药店，企业所得税为100万×5%+50万×10%=10万元。

‌医保结算资金的免税依据‌
根据《社会保险法》及税务相关规定，医保统筹基金支付的药品费用属于社会保障支出，药店无需对该部分收入缴纳增值税或企业所得税。但需注意，‌仅限符合医保目录的药品及合规结算流程‌，若存在超范围刷医保卡等违规行为，相关收入仍需补税并承担法律责任。

‌税务合规风险提示‌
药店需严格区分医保结算与普通销售的收入类别，确保医保消费记录、发票与纳税申报一致。‌虚增医保结算金额、篡改药品类别‌等行为可能被认定为偷逃税款，面临罚款乃至吊销医保资质的风险。建议定期核对医保管理系统与财务数据，留存交易凭证备查。

药店刷医保卡产生的税务责任集中于自费收入部分，经营者应关注纳税人身份对应的税率差异，充分利用小型微利企业优惠政策，同时确保医保结算符合法规，避免税务稽查风险。