医保住院报销并非直接扣除医保卡余额。

医保住院报销的过程涉及多个环节，具体如下：

1. 住院费用结算：当患者住院治疗时，医院会根据患者的病情和治疗方案，产生相应的医疗费用。这些费用通常包括诊断费、治疗费、药品费、手术费等。

2. 医保报销范围：医保报销的范围通常包括医保目录内的药品、诊疗项目和医疗服务设施费用。患者需要支付的部分包括医保目录外的自费项目、起付线以下部分以及超过封顶线部分的费用。

3. 报销比例：医保报销比例根据患者的医保类型、就医医院的级别以及医疗费用的多少而有所不同。例如，职工医保的报销比例通常高于居民医保，三甲医院的报销比例可能低于社区医院。

4. 报销流程：患者出院时，医院会根据医保政策计算出患者需要支付的费用和医保报销的费用。患者需要支付的部分可以直接使用医保卡余额或现金支付，而医保报销的部分则由医院与医保经办机构进行结算。

5. 医保卡余额使用：医保卡余额通常用于支付门诊费用、药店购药费用以及住院费用中个人自付部分。在住院报销过程中，医保卡余额不会被直接扣除用于报销，而是用于支付患者个人需要承担的部分费用。

总结：医保住院报销并非直接扣除医保卡余额，而是根据医保政策对患者的医疗费用进行报销，患者个人需要支付的部分可以使用医保卡余额或现金支付。了解医保报销政策和流程，有助于患者更好地管理医疗费用和使用医保卡余额。