上海新农合住院报销比例因医院级别不同而有所差异。乡（镇）卫生院的报销比例相对较高，300元以下的费用报销30%，300元（不含）以上2000元以下的费用报销70%，2000元（不含）以上的费用报销50%。县级定点医疗机构的报销比例则根据费用区间有所不同，500元以下的报销25%，500元（不含）以上10000元以下的报销65%，10000元（不含）以上的报销50%。

对于二级和三级医院，报销比例会进一步降低。二级医院的报销比例为：500元以下的报销25%，500元（不含）以上10000元以下的报销55%或根据不同说法为30%，10000元（不含）以上的报销50%。三级医院的报销比例则为：1000元以下的报销20%，1000元（不含）以上10000元以下的报销45%或根据不同说法为40%，10000元以上（不含）的报销40%。

异地就医的报销比例也会有所不同。经转诊至市外定点医院报销80%（如县级65%则异地为52%），未转诊或按探亲务工期间按70%比例报销，起付线为600元。也有说法认为，经转诊至市外定点医院报销80%（如县级若为65%，则异地报销比例可能为52%），未转诊或探亲务工按70%报销，起付线为600元。

需要注意的是，以上信息仅供参考，具体报销比例和政策可能因地区、时间等因素而有所变化。在实际就医前，建议咨询当地新农合管理部门或相关机构以获取最准确的信息。报销时需要提供相关的医疗费用票据和诊断证明等材料，具体要求也可能因地区而异。