根据2025年最新农村合作医疗报销政策，住院花费5000元时的报销情况如下：

一、报销比例与分段标准

1. 报销比例

   • 镇卫生院 ：60%

   • 二级医院 ：40%

   • 三级医院 ：30%

2. 分段补偿规则

   • 起付线 ：1000元（部分政策规定200元）

   • 分段比例 ：

     • 5000元以下：按对应等级医院比例报销（如二级医院50%）

     • 超过5000元部分：分段按65%、70%、75%等比例报销

   • 封顶线 ：每年累计最高40000元

二、具体报销计算

1. 镇卫生院（5000元）

   • 报销金额：5000元 × 60% = 4500元

   • 自付金额：5000元 - 4500元 = 500元

2. 二级医院（5000元）

   • 前5000元按50%报销，超过部分按55%报销

   • 报销金额：5000元 × 50% + 5000元 × 55% = 5250元

   • 自付金额：5000元 - 5250元 = -250元 （实际无需自付）

3. 三级医院（5000元）

   • 前5000元按35%报销，超过部分按45%报销

   • 报销金额：5000元 × 35% + 5000元 × 45% = 4250元

   • 自付金额：5000元 - 4250元 = 750元

三、注意事项

1. 费用限额 ：辅助检查（如CT、核磁共振）单次限额200元，手术费超过1000元按1000元报销

2. 大病补偿 ：年累计自付超1.5万元可二次报销，比例50%-70%

3. 特殊群体 ：60岁以上老人、低保户等可额外享受医疗救助

四、示例总结

若在镇卫生院住院花费5000元，实际自付500元；若在二级医院花费5000元，可获4250元报销，无需自付；若在三级医院花费5000元，自付750元。建议优先选择镇卫生院就诊以节省费用。