根据相关法律规定和搜索结果，关于公司缴纳社保后农村医保的缴费问题，具体说明如下：

一、职工医保与农村医保的参保规则

1. 两者不可同时参保

   城镇职工基本医疗保险（社保）与新型农村合作医疗保险（新农合）属于两种不同的医疗保障体系，法律规定个人只能选择其中一种参保，不能同时享受两种待遇。

2. 参保条件冲突

   职工医保由用人单位和职工共同缴纳，属于强制性的社会保险；新农合则属于自愿参加的补充性医疗保障。单位若为职工缴纳社保后，职工无需再缴纳新农合费用。

二、具体操作与影响

1. 单位缴费情况下

   • 若单位为职工缴纳职工医保，则职工无需再缴纳新农合，但新农合不会自动停缴。若职工主动申请停缴，需向当地社保机构办理停保手续。

   • 若职工离职后单位停止缴费，职工也不需自行缴费，新农合会自动停缴。

2. 缴费方式与账户管理

   • 职工医保通过单位代扣代缴，与工资同步扣除；新农合通常按年度缴费，需单独向乡镇社保站申报缴费。

   • 若职工已办理职工医保，原新农合个人账户内的资金不会自动转移至职工医保账户，需办理变更手续。

三、特殊情况说明

• 地区政策差异 ：不同地区对医保账户管理存在差异，建议参保人员咨询当地社保机构，确认具体操作流程。

• 退休后的处理 ：若职工按职工养老保险退休，原新农保个人账户内的资金可退还（需符合条件）。

公司缴纳社保后，农村医保是否停缴需根据职工是否继续参保职工医保以及当地政策判断。建议职工根据自身实际情况选择合适的医疗保障方式。