山东省内治疗癫痫的顶尖医院有多家，难以单一确定“最好”的医院。以下是一些在癫痫治疗领域具有较高声誉和专业水平的医院：

1. 山东大学齐鲁医院：作为国内知名的大型综合性三级甲等医院，其神经科实力雄厚，在癫痫的诊断和治疗方面处于领先地位，特别是在难治性癫痫的管理上表现出色。该医院还提供多种辅助治疗方法，如脑电图监测等。

2. 山东省立医院：是集医疗、科研、教学、预防保健和指导基层为一体的大型综合性三级甲等医院。该院神经内科在诊治神经系统疾病方面具有丰富的经验，能够为患者提供全面的诊疗服务。

3. 青岛大学附属医院：是一所集医疗、教学、科研于一体的大型综合医院，其神经内科实力较强。该医院的神经内科在癫痫的诊断和治疗方面经验丰富，且配备了先进的诊疗设备。该医院还开展了多项癫痫相关研究项目，推动了癫痫领域的学术进步。

4. 山东第一医科大学第一附属医院：该医院设有神经内科癫痫诊疗中心，由经验丰富的专家领衔，擅长各类癫痫的诊断与治疗。

5. 烟台毓璜顶医院：其神经外科技术较为先进，神经外科团队具有丰富的癫痫手术经验，可对部分难治性癫痫进行切除术等手术治疗。对于不适合手术的患者，也可通过药物或非药物方法进行管理。

选择哪家医院作为“最好”取决于患者的具体情况和需求。建议患者在就医前咨询专业医生或医疗机构，以获取更详细的信息和个性化的建议。