农村合作医疗与职工医保的报销比例差异显著，主要体现在门诊、住院及大病保障的层级划分上：农村合作医疗报销比例通常为20%-60%（门诊）和30%-90%（住院），而职工医保可达50%-95%，且起付线更高但封顶线更优。
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门诊报销对比
- 农村合作医疗：村卫生室最高报60%，三级医院仅20%，且设单次药费限额（如10-200元）。
- 职工医保：起付线1500元后报销50%-80%，退休人员比例更高，无单次限额限制。
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住院费用差异
- 农村合作医疗：乡镇卫生院报60%-90%，三级医院30%-55%，大病分段补偿（如5000元以上报65%-70%）。
- 职工医保：三级医院报60%-95%，起付线700-1500元，年度封顶线达30万元，部分城市对特殊病种报销超90%。
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特殊保障与限制
- 农村合作医疗对慢性病（如高血压）门诊报60%-80%，但住院封顶线较低（如1.1万元）。
- 职工医保涵盖高额医疗费用，部分城市大额医疗补充报销至85%-95%，且个人账户可支付自费部分。
总结：职工医保整体报销比例更高且覆盖更广，但农村合作医疗通过分级补偿减轻基层就医负担。具体选择需结合个人医疗需求与经济能力，建议提前了解当地政策细则。
