关于设施农用地未备案被拆除的问题，结合相关法律法规和搜索结果，具体处理方式如下：
一、备案的法定性与前置程序
设施农用地属于农用地范畴，其使用需遵循《中华人民共和国土地管理法》和《城乡规划法》的规定。未备案的设施农用地能否进行建设活动，需根据土地性质和用途具体判断：
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基本农田等特殊农用地
若涉及基本农田或需办理农用地转用审批的农用地，必须先办理农用地转用审批手续，而非简单的备案。
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一般设施农用地
对于一般设施农用地（如养殖场、晾晒场等直接服务于农业生产的用地），法律未强制要求办理规划许可证，但需履行备案手续。
二、未备案的违法情形与处理措施
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未经备案擅自建设
若在未备案的设施农用地上擅自建造永久性建筑（如房屋），属于违法行为，可能面临以下后果：
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建筑物被强制拆除；
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经营者可能被行政处罚（如罚款）。
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附属设施超限问题
若已备案的设施农用地中，附属设施或配套设施用地超出批准范围或标准（如建设肉类加工厂），超限部分将认定为违法建设用地，需限期整改；拒不整改的，将依法拆除。
三、法律救济与抗辩要点
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程序违法抗辩
若行政机关未依法履行调查、告知等程序（如未核实土地性质、未听取申辩），可主张行政行为程序违法，要求撤销处罚。
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历史遗留问题处理
对于历史遗留的未备案设施农用地，建议通过协商、补偿等方式妥善处理，避免简单认定为违法用地。
四、建议与总结
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依法备案 ：设施农用地使用前应主动办理备案手续，确保土地性质与用途符合法律法规。
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规范建设 ：建设附属设施时需控制面积和性质，避免超限或改变土地用途。
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维权途径 ：若遭遇不当拆除，可通过行政复议或诉讼维护自身权益。
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