北京同仁医院崇文门院区和亦庄院区各有优势，选择需根据就诊需求、地理位置和科室特点综合考量。崇文门院区以眼科、耳鼻喉科等国家重点学科见长，专家资源集中；亦庄院区急诊服务完善、医保覆盖广，且就诊环境更宽松。
地理位置方面，崇文门院区位于市中心东城区，交通便利，适合主城区及周边患者；亦庄院区位于大兴区，服务北京东南部居民，对亦庄开发区及南部患者更友好。若需快速抵达或依赖公共交通，崇文门院区是优选；若居住东南部或自驾，亦庄院区更便捷。
科室设置上，崇文门院区眼科、耳鼻喉科全国领先，尤其擅长复杂眼底病、眼外伤、人工耳蜗植入等，但部分科室病房紧张；亦庄院区学科覆盖全面，二期扩建后医疗能力提升，耳鼻喉科、变态反应科（如鼻过敏）优势突出，且急诊内科、外科服务齐全，弥补了崇文门院区急诊调整后的需求。
专家资源方面，崇文门院区聚集了大量知名专家，尤其眼科、耳鼻喉科资深医生集中；亦庄院区专家团队规模达175人，部分科室如心血管中心、骨科等同样有资深专家坐诊，且部分崇文门专家会跨院区出诊，可通过预约系统查询。
医保与特殊服务差异明显：亦庄院区为北京市A类医保定点医院，不受医院级别限制，且支持肾移植抗排异、血液透析等特殊病种医保；崇文门院区虽为医保定点，但具体政策需结合北京市规定。若涉及特殊病种或需长期治疗，亦庄院区更具优势。
总结建议：眼科、耳鼻喉科疑难重症优先选崇文门院区；急诊需求、东南部居住或特殊病种患者推荐亦庄院区。提前通过“京医通”查询专家排班，结合自身位置和病情选择更高效的就诊方案。
