针对已付款但长期未收到发票的问题，可按以下步骤处理：

一、初步排查与沟通

1. 联系卖方确认

   通过邮件或电话联系卖方，核实发票是否已寄出，要求提供物流信息或发票副本。

2. 核对邮寄信息

   检查发票邮寄地址是否准确，若错误需及时更正并重新寄送。

二、合同与证据收集

1. 审查合同条款

   核对合同中关于发票开具的条款，确认卖方是否违约，收集付款记录、聊天记录等作为维权的依据。

2. 整理辅助证据

   包括银行付款凭证、入库单、货物运输证明等，形成完整的交易链条。

三、正式追索与税务处理

1. 发送追索函

   若沟通无果，可发送书面追索函，附上付款凭证和合同，要求卖方在合理期限内补开发票。

2. 税务应对

   • 未开票收入入账 ：按未开票收入申报纳税，避免因发票缺失影响企业所得税前扣除。

   • 坏账处理 ：若卖方既不开发票也不退款，需根据合同条款确认是否可转为坏账，涉及增值税和企业所得税调整。

   • 税务机关投诉 ：若怀疑卖方故意逃税，可向税务机关举报，提供相关证据协助调查。

四、其他注意事项

• 付款方式影响 ：银行转账等需清算的付款方式可能导致发票延迟，需与财务流程对接。

• 发票过期风险 ：发票有有效期限，若超过规定时间，可能无法用于税务抵扣，需及时补开。

通过以上步骤，可系统解决发票缺失问题，降低税务风险。若问题复杂，建议咨询专业律师或税务机关获取进一步帮助。