关于医保首次缴费时扣除两个月费用的问题，可能涉及以下两种情况：
一、入职当月工资中扣除两个月社保的情况
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工资发放周期与缴费时间差异
若公司工资发放周期为次月（即“下月工资发放当月发上月工资”），而新员工入职时间处于两个工资周期之间（例如1月15日入职，2月15日发1月工资），则首次缴费时需扣除1月和2月的社保费用。这是由于社保缴费与工资发放时间不匹配导致的。
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法律依据
根据《中华人民共和国社会保险法》，社保缴费应与工资发放同步进行，但具体操作中需结合实际用工时间。若入职当月即开始工作，理论上只需缴纳当月的社保；若入职后工资延迟发放，则需补缴前一个月的社保。
二、医保账户1月费用异常减少的情况
若问题指向医保个人账户金额减少，可能因以下原因：
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年度固定扣除项
医保个人账户每年1月固定扣除36元的大额医疗费用和30元的长护补贴（部分地区政策）。若未提前确认缴费状态，可能导致账户金额暂时减少。
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灵活就业人员额外扣款
灵活就业人员因未享受单位缴费部分，1月缴费金额可能包含个人账户应缴部分+36元+30元补贴，比平时多出66元。
总结
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扣除两个月社保 ：通常因工资发放周期与入职时间重叠导致，属于正常现象；
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账户金额减少 ：多为年度固定扣除或灵活就业人员缴费标准差异，与社保政策无关。
建议若对缴费金额有疑问，可向公司人力资源部门或医保机构咨询具体扣款明细。
