公司断缴医保三个月的处理方式需根据缴费主体（单位或个人）及缴费状态综合判断，具体如下：

一、单位欠缴的处理

1. 补缴时间限制

   单位欠缴医保需在3个月内补缴费用、利息及滞纳金。若在此期间补缴，可累计缴费年限，但中断期间待遇由单位承担。

2. 补缴后待遇恢复

   补缴完成后，可恢复享受医保待遇，但中断期间已产生的医疗费用需自行垫付。

3. 特殊情况处理

   • 单位破产、兼并等特殊情形需签订补缴协议；

   • 个人账户资金可正常使用，但医保待遇不恢复。

二、个人断缴的处理

1. 个人缴费中断

   若个人连续2个月未缴费，医保待遇将暂停，需补缴费用及滞纳金后恢复。

2. 超过3个月的影响

   • 连续3个月未缴费，医保待遇将按新参保人计算，原有缴费年限归零；

   • 断缴期间医疗费用需自费，且无法享受统筹基金报销。

3. 补缴方式

   • 单位代缴 ：新单位接手后自动续缴；

   • 个人补缴 ：携带身份证、社保卡到社保局或APP办理，部分地区支持线上操作。

三、注意事项

• 滞纳金计算 ：不同地区滞纳金标准不同，如北京、上海每日加收0.2‰，上限100元；

• 医疗费用垫付 ：断缴期间医疗费用需自行承担，补缴后从第13个月起报销；

• 重新参保限制 ：断缴超过3个月，需重新计算缴费年限，且可能影响大病报销额度。

建议及时联系社保机构或单位人事部门，避免因政策差异影响补缴流程。