关于增值税留抵退税与附加税费（城建税、教育费附加、地方教育附加）的退还问题，综合相关税法规定及政策文件，具体说明如下：

一、附加税费与留抵退税的关系

1. 附加税费不直接退还

   根据财税〔2018〕80号文件，增值税期末留抵退税 不直接退还附加税费 （城建税、教育费附加、地方教育附加）。

   这意味着纳税人不会因为获得留抵退税而直接收到附加税费的返还。

2. 后续计税依据调整

   虽然附加税费本身不退还，但允许纳税人在后续申报时 从附加税费的计税依据中扣除已退还的增值税税额 。例如，某期应纳增值税额可调整为： $$\text{应纳增值税额} = \text{当期销项税额} - \text{当期进项税额} - \text{已退还的增值税税额}$$

   这一调整会直接影响附加税费的计算和缴纳金额。

二、特殊情形说明

• 增值税多缴退税 ：若纳税人因计算错误或政策调整多缴了增值税，可申请退还多缴部分，但附加税费同样适用扣除规则。

• 出口退税 ：出口货物实行“免、抵、退”政策，但附加税费不参与退还。

三、操作建议

1. 及时申报调整 ：收到留抵退税后，需在次月申报时填写《附加税费计税依据调整表》，确保申报数据准确性。

2. 保留证明材料 ：申请附加税费扣除时，需提供增值税留抵退税证明、完税证明等材料。

留抵退税与附加税费扣除是两个独立但关联的税务处理机制，纳税人需根据具体情况合规操作。