可以

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条的规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关申请退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关应及时查实后办理退库。以下是具体说明：

一、三年退税的时效性

1. 时效起点 ：以纳税人 结算缴纳税款之日 为起始日，而非实际缴纳税款之日；

2. 最长时限 ：三年内均可提出退税申请，超过该期限税务机关将不予处理。

二、税务机关与纳税人的责任区分

• 税务机关主动发现 ：若税务机关在税收征管过程中发现多缴税款，应当 立即退还 ；

• 纳税人主动申请 ：需在三年内向税务机关提交相关证明材料申请退税。

三、注意事项

1. 特殊情况处理 ：若因税务机关错误导致多缴税款，税务机关需承担赔偿责任；

2. 资料要求 ：申请退税需提交《税务局退税申请书》《税收通用缴款书》原件及复印件、《企业所得税纳税申报表》等材料。

四、相关争议解决途径

若因税务机关拒绝退税或逾期未处理，纳税人可通过以下途径解决：

• 税务行政复议 ：先向作出决定的税务机关申请复议；

• 税务行政诉讼 ：对复议决定不服可向人民法院提起诉讼。

五、案例参考

2009年缴纳契税但2023年申请退税的案件中，因超过三年时效且不符合契税法相关规定，税务机关未予支持。

只要在三年内发现多缴税款并依法申请，税务机关应当退还 ，但需符合法定条件和程序。