补交合作医疗的具体办理部门如下：

一、常规办理渠道

1. 当地社保局或合作医疗管理部门

   一般需携带身份证、户口簿等有效证件，前往户籍所在地或参保地的社保局或合作医疗管理部门咨询补缴流程。

2. 线上补缴平台

   部分地区支持通过当地社保局官网、微信公众号（如“掌上办”）或支付宝、微信等渠道办理补缴，需关注当地官方通知。

二、特殊情况处理

1. 单位补缴（适用于职工医保）

   • 2024年7月1日前的补缴由医保部门办理，需通过当地医疗保障局官网或线下窗口提交补缴申请。

   • 2024年7月后的补缴由税务部门办理，需向税务部门提交补缴表和相关材料。

2. 特殊群体免缴

   五保户、低保户、贫困残疾人、70/80岁以上老人等特殊群体，可咨询当地医保部门申请免缴。

三、注意事项

• 补缴时效 ：一般需在欠费发生后2年内补缴，超过期限可能无法享受医保待遇。

• 材料准备 ：补缴时需提供缴费证明、身份证明等材料，建议保留好缴费凭证。

• 咨询确认 ：不同地区政策存在差异，建议提前电话咨询当地社保局，确认具体操作流程。

若错过补缴期限且无法享受医保待遇，建议及时联系当地医保部门，了解是否可通过分期缴费或减免政策解决。