针对合作医疗登记信息不存在的问题，可按以下步骤处理：

一、确认参保状态

1. 检查参保资格

   确认本人是否已参加合作医疗，可通过当地社保局官网、政务大厅或乡镇便民服务中心查询参保状态。

2. 核对身份信息

   核对缴费时输入的身份证号、姓名等是否与身份证件完全一致，若发现错误需及时更正。

二、办理参保登记或信息更正

1. 首次参保处理

   若从未参保，需携带身份证件到户籍所在地社保或医保部门办理参保登记，完成登记后次日可尝试缴费。

2. 信息错误更正

   若已参保但信息有误（如身份证号、姓名错误），需携带有效证件到政务大厅医保窗口或社区服务中心办理更正手续。

3. 系统数据同步问题

   若因系统未更新导致信息缺失，可联系当地医保部门或主管税务机关，确认数据是否已同步至税务系统。

三、其他解决方案

1. 线下查询与投诉

   携带缴费凭证到当地社保局查询缴费状态，或拨打12333热线咨询，必要时可通过社保局网站或APP反映问题。

2. 跨地区参保处理

   若在异地参保，需确认参保地与缴费地是否一致，跨地区参保需在户籍地或居住地完成登记。

四、注意事项

• 信息变更时效 ：部分地区需1-3个工作日完成系统同步，超时需主动联系医保部门。

• 权益保障 ：若因信息错误导致待遇受损，可依据《社会保险法》规定，向医保部门申请补偿。

若以上步骤仍无法解决问题，建议通过当地医保部门官方渠道提交详细问题描述，或咨询法律专业人士维护自身权益。