关于是否需要在单位缴纳五险时退掉农村社保的问题，综合相关政策和搜索结果，具体说明如下：

一、社保与农保的参保规则

1. 社会保险与新型农村合作医疗（新农合）的兼容性

   根据《社会保险法》规定，职工只能参加一种医疗保险，即职工医保或新型农村合作医疗，二者不可同时参保。若单位同时缴纳五险（含医保）时要求退保新农合，则需停止缴纳新农合。

2. 政策差异与地区规定

   • 部分地区允许社保与新农合同时缴纳，但报销时只能选择其中一种；

   • 若单位强制要求退保，则需按单位规定操作。

二、重复参保的处理方式

• 合并账户 ：若同时参加了职工医保和新型农村合作医疗，可申请合并账户，重复缴费部分退还个人账户金额；

• 退保处理 ：若单位要求退保，需办理退保手续，个人可保留职工医保（强制参保）或选择保留新型农村合作医疗（部分地区允许）。

三、建议与注意事项

1. 优先选择职工医保

   职工医保的报销范围更广、比例更高（一般70%-85%），建议在条件允许的情况下优先参保；

2. 关注当地政策

   具体操作以当地社保部门规定为准，部分地区允许灵活选择参保方式；

3. 保留就医凭证

   若已参加职工医保，原新型农村合作医疗的医疗费用可通过职工医保报销，无需再保留新农合相关票据。

在单位缴纳五险时是否需要退掉农村社保，需根据当地政策及单位要求决定，但职工医保的优先级更高。