当员工报销的金额与发票金额不一致时，需要根据发票类型进行不同的账务处理。以下是具体的处理方法：
- 普通发票情况 ：
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假设员工报销实际支付的是900元，但拿来的是一张1000元的普通发票。
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账务处理：借：管理费用等900元，贷：银行存款900元。
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注意事项：报销单和发票的背面需要写明实报金额900元，以确保账务记录真实反映实际支出情况，避免虚增费用。
- 专用发票情况 ：
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假设员工报销实际支付的900元，拿来的是一张价税合计1060元的专用发票，其中不含税金额1000元，税额60元。
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账务处理：借：管理费用等849.06元，应交税费——应交增值税（进项税额）50.94元，贷：银行存款900元。
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注意事项：如果这张专票勾选的是60元税额，则需要进行进项税额转出。转出不可抵扣的税额为60 - 50.94 = 9.06元，将这9.06元填入增值税附表2。
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报销单写明实报金额900元，发票背面写明价税合计900元，不含税金额为849.06元，税额为50.94元。
- 发票金额大于实际报销金额 ：
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如果企业实际发生的金额与发票金额一致，只是不需要报销那么多，可以按发票金额入账。
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如果企业业务实际发生的金额小于发票金额的，属于虚开发票的行为，应该退回发票重新开具。
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出纳要是登记成1100元，则手里面的钱就多出账面100元，出纳应如何处理？内账就直接按1000元报销就好了，只要注明了就行了，这不影响月末银行对账单跟银行存款日记账的平衡的。
- 发票金额小于实际报销金额 ：
- 如果发票金额比实际支付的小，要按支付的金额入账，超出没有发票的部分，在税前不能扣除。
建议
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确保真实性 ：无论发票金额与实际报销金额是否一致，都应确保报销的真实性和合规性，避免虚开发票或伪造报销信息。
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详细记录 ：在报销单和发票上明确写明实际报销金额和发票金额，并在财务记录中详细注明，以便日后审计和核查。
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审核制度 ：公司应建立完善的发票审核制度，确保发票金额与实际报销金额一致，避免不必要的财务风险。
