当报销金额小于发票金额时，处理方式需根据实际情况和公司财务政策决定，主要分为以下两种情况：
一、按实际报销金额抵扣（常见情况）
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直接按报销金额入账
企业应按照员工实际报销的金额进行进项税额抵扣，超出部分需通过其他方式处理（如员工补差或计入营业外收入）。
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会计分录示例
若员工报销管理费用100元，发票金额100元，税额13元，则会计分录为： $$借：管理费用\ 100\ 进项税\ 13\ 营业外收入\ 13\ 贷：银行存款\ 100\ \ $$
此时，13元税额可全额抵扣，剩余13元计入营业外收入。
二、发票金额调整（特殊情况）
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发票金额错误
若发票金额本身存在错误（如多开），需与供应商协商更正。更正后按新金额重新开具发票，并调整账务。
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员工原因导致差额
若因员工个人原因（如多消费未申报）导致报销金额不足，需要求员工补差。补差后按实际金额入账。
三、注意事项
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税务合规 ：发票金额必须与实际业务相符，虚开发票属于违法行为。若差额合理且取得合法说明，可按实际金额申报抵扣。
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内部管理 ：建议建立严格的报销审核机制，避免因金额差异引发纠纷。对于大额差异，需履行审批流程。
通过以上方法，企业可在合规的前提下合理处理报销金额与发票金额的差异。
