根据职工医保政策规定，断缴三个月后补缴医疗保险费用的处理方式如下：

一、补缴后待遇恢复时间

1. 中断时间≤3个月

   若职工医保中断不超过3个月且按时足额补缴，则视作连续参保，补缴后次月即可恢复享受医保待遇，补缴期间发生的医疗费用可申请零星报销。

2. 中断时间>3个月

   • 首次中断 ：需连续缴费满6个月且补缴后满1年（12个月）才能恢复待遇，期间医疗费用无法报销。

   • 再次中断 ：若中断后重新参保，需连续缴费满6个月且补缴后满1年才能恢复待遇，期间医疗费用同样无法报销。

二、特殊情况说明

• 灵活就业人员 ：若中断超过3个月，需补缴满6个月且连续缴费满1年才能恢复待遇。

• 单位缴费中断 ：单位整体续保中断超过6个月，需补缴满6个月且连续缴费满1年；个人续保中断超过6个月，需按新参保对象缴费满6个月且连续缴费满1年。

三、注意事项

1. 补缴时需按缴费基数和费率补缴欠费，补缴后次月恢复待遇。

2. 若补缴后超过1年仍未恢复待遇，建议咨询当地医保局确认政策差异。

3. 长期断缴可能影响退休后医保待遇，建议尽早恢复参保。

以上政策适用于全国范围，但具体细则可能因地区存在差异，建议补缴前通过当地医保局官网或热线确认最新规定。