职工五险和农村合作医疗确实存在冲突，具体表现如下：

一、制度性质与覆盖范围冲突

1. 五险一金 是城镇职工的基本社会保障制度，包含养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险及住房公积金，由用人单位和职工共同缴纳。

2. 农村合作医疗 是针对农村居民设立的医疗保障制度，由政府主导、个人自愿参加，主要用于报销医疗费用。

二、医疗保险部分的冲突

• 报销规则冲突 ：两者均属于医疗保险范畴，但根据《中华人民共和国社会保险法》规定， 同一参保人不得同时享受职工医保和新型农村合作医疗的报销待遇 。若同时参保，系统会自动屏蔽另一项保险的报销资格。

• 重复报销风险 ：若发生医疗费用时同时参加了两种保险，可能导致同一笔费用被重复报销，造成资金浪费。

三、政策规定与操作限制

1. 参保资格互斥 ：国家明确规定， 职工医保与新型农村合作医疗不可同时参保 。若已参加职工医保，则必须注销新农合；反之亦然。

2. 缴费与待遇差异 ：职工医保由单位和个人共同缴费，待遇水平较高（如住院报销比例、药品目录覆盖范围更广）；新农合仅限个人缴费，政府补贴较少，且报销范围有限。

四、建议与注意事项

1. 优先选择职工医保 ：对于城市职工而言，职工医保的保障力度更大，建议优先参保并持续缴费至退休。

2. 特殊情况处理 ：若已参加职工医保后迁出农村，需办理医保转移接续；若因故无法参保职工医保（如灵活就业人员），可咨询当地医保部门了解是否可参加其他医疗保障形式（如城镇居民医保）。

3. 避免重复参保 ：参保前应仔细核对当地医保政策，避免因信息不对称导致重复参保。若发现重复参保，需通过医保部门渠道办理注销手续。

职工五险与农村合作医疗在医疗保险部分存在直接冲突，参保时需根据自身身份选择其中一种制度。