农村合作医疗二次报销的办理地点和流程如下：

一、办理地点

1. 参保地新农合管理部门

   通常为当地卫生局新农合大厅或医保中心，具体以参保地政策为准。

2. 其他指定机构

   部分地区支持在镇农村合作医疗办公室、村委会或县级医管局提交材料。

二、所需材料

1. 基础材料

   • 身份证原件及复印件；

   • 新农合卡或参合证（卡）原件；

   • 医疗费用发票（需加盖医院公章）；

   • 费用清单及出院小结。

2. 特殊病种材料

   • 持有慢性病患者需提供慢性病证或二级以上医疗机构诊断证明；

   • 门诊特殊病患者需额外提供门诊病历。

三、办理流程

1. 医院直接报账

   住院时直接在定点医疗机构提交材料办理初步报销。

2. 村（社区）初审

   村（社区）合作医疗联络员审核材料后报镇级机构。

3. 县级机构审核

   镇级机构审核通过后，材料提交至县级新农合管理部门或指定报销机构。

4. 公示与发放

   审核通过后进行公示，无异议后报销款通过银行转账或支票发放。

四、注意事项

• 报销限额 ：2025年新农合二次报销无次数限制，但年累计报销额度最高40000元；

• 起付线 ：住院报销需达到当地规定的起付标准；

• 特殊病种 ：如癌症、尿毒症等重大疾病可申请二次报销，需符合当地病种目录。

建议办理前咨询当地医保部门，确认具体流程及材料要求，避免遗漏。