北京大学第三医院（北医三院）在多个学科领域具有鲜明的特色和优势，以下是其最擅长的科室和领域：
骨科
北医三院的骨科被誉为国内最强学科之一，尤其在脊柱外科方面表现突出，擅长复杂脊柱手术、关节置换等。
生殖医学中心
北医三院的生殖医学中心是国际规模最大的中心之一，治疗方法全面，擅长生殖内分泌和不孕症疾病的临床诊疗及基础研究。
运动医学科
北医三院的运动医学研究所在运动创伤及康复、运动营养、关节镜治疗等领域处于国际同步国内领先的高水平，擅长运动损伤的预防、诊断和治疗。
妇产科
北医三院的妇产科在疑难重症的诊治方面具有显著优势，尤其是在妇产科领域的高难度手术和治疗方面。
眼科
北医三院的眼科在眼外伤及眼科疑难重症的诊治方面处于国内领先水平。
消化科
北医三院的消化科在溃疡病发病机制研究及治疗、早期胃癌的诊疗等领域居国内前列。
心血管内科
北医三院的心血管内科在冠心病介入治疗、急性心肌梗死“绿色通道”及临床与基础协调发展等方面居国内一流水平。
神经内科
北医三院的神经内科在神经系统疾病的诊治方面具有显著优势。
泌尿外科
北医三院的泌尿外科在机器人辅助腹腔镜泌尿系肿瘤根治手术等方面具有显著优势。
北医三院还拥有多个国家级临床重点专科，如药剂科（临床药学）、病理科、专科护理、检验科、呼吸内科、普通外科、整形外科（成形科）、康复医学科等。这些科室在各自的领域内具有鲜明的特色和明显的优势，为患者提供高质量的医疗服务。建议患者根据自身病情选择相应的科室进行就诊。
