小儿色素失调症可能会有后遗症，其表现与多系统受累情况有关，具体如下：
- 皮肤方面：尽管多数患者皮肤损害会逐渐减轻，部分色素沉着可自然消失，但可能会在皮肤上留下色素改变，如浅褐色至深褐色的色素沉着，呈线状、环状、螺旋状等奇特形状，影响皮肤美观。这种色素沉着可持续多年，甚至在儿童期以后发病者，色素沉着可终身不退。
- 眼部方面：约 10% 的患儿会发展成视网膜皱襞、牵拉以及孔源性视网膜脱离，随之出现视力障碍，还可能出现斜视、白内障、视力减退等问题，对患儿的视觉功能和日常生活造成严重影响。
- 牙齿方面：约 90% 患者可出现牙齿受累表现，包括牙发育不良（缺牙或少牙）、出牙延迟、牙齿畸形等，会影响患儿的咀嚼功能和口腔美观，还可能导致口腔卫生问题和牙齿疾病。
- 神经系统方面：较皮肤损害少见，主要表现为癫痫、肌肉痉挛、智力障碍、小头畸形等。这些神经系统后遗症会对患儿的认知、运动发育和生活自理能力产生不同程度的影响，严重者可能需要长期的康复治疗和特殊教育。
小儿色素失调症的预后主要取决于是否存在多系统受累，尤其是神经系统和眼睛。如无重要系统受累，则预后良好；若出现神经系统等重要器官受累，往往预后不良。不过，通过早期诊断和适当的干预治疗，如对眼部病变进行及时的眼科检查和治疗、对智力障碍儿童进行智力训练等，可以在一定程度上改善患儿的预后，减少后遗症的发生和减轻其严重程度。
