肠梨形鞭毛虫病由蓝氏贾第鞭毛虫引起，其病因主要包括以下方面：

• 传染源：患者和带包囊者是主要传染源，尤其是携带包囊者，往往一人带包囊全家感染。包囊随粪便排出体外，污染周围环境中的水源、食物等，进而传播给他人。牛、马、羊、狼和犬等动物也可能携带该虫，在流行病学上有一定意义。
• 传播途径
  • 水源性传播：这是肠梨形鞭毛虫病常见的传播方式。贾第虫包囊在水中存活时间较长，可长达数月。直接饮用被污染的水源，或使用污染的水源加工食物，都可能导致感染。例如，自来水管因日久失修与污水管相互沟通，或管壁渗漏使污水进入管内，都可能造成包囊污染水源。
  • 粪 - 口传播：接触含有包囊的粪便或被动物粪便污染的土壤，均可能感染贾第虫。如伴侣、宠物和家畜等都可能通过这种方式感染，不过贾第虫具有较强的宿主特异性，人和动物之间交叉传播的可能性存在一定局限性。
  • 性行为传播：有研究表明，贾第虫可通过不洁的性行为传播，在艾滋病患者中常能发现混合感染贾第虫，尤其是同性恋者的肛交方式，易导致包囊的间接 “粪 - 口” 感染。
• 易感人群：任何年龄的人群对本虫均易感，艾滋病患者、免疫球蛋白缺乏症患者等免疫力低下者尤其易感。男性较女性易感，比例约 1.19:1。

人体感染梨形鞭毛虫病后，潜伏期平均为 1-2 周，最长者 45 天。虫体寄生在人体小肠，尤其是十二指肠，偶可寄生于胆道，可引起粘膜充血、水肿及浅溃疡，妨碍宿主的肠吸收功能，从而出现腹泻、腹痛、恶心、呕吐等症状。