新生儿消化道重复症的治疗效果因人而异，总体而言，大多数患儿经及时、恰当的手术治疗，一般预后较好。但具体情况需根据以下因素判断：
- 病情复杂程度：如果病变部位较为简单，如孤立的、与主肠管无紧密联系的囊肿型重复症，手术相对容易，通过重复囊肿切除术就可能将其完整剥离、切除，治疗效果较好。若重复畸形范围广泛，或与重要器官关系密切，如来源于食管的囊肿型重复症、十二指肠的囊肿型重复症等，手术难度会显著增加，可能需要采用较为复杂的手术方式，如重复畸形肠管黏膜剥除术等，且手术风险也会相应提高。合并多发畸形及严重并发症，如肠梗阻、肠扭转、消化道穿孔、消化道出血等的患儿，病情较为危急，治疗难度大，病死率相对较高。相关研究显示，本病的病死率约为 3.5%，主要死亡原因与病情复杂、合并多发畸形及严重并发症有关。
- 治疗时机：新生儿消化道重复症一般无法自愈，需及时就医。患儿常因肠梗阻、消化道出血、肠穿孔、呼吸窘迫等并发症就诊，可危及生命，因此本病一旦诊断明确，应尽快完成手术治疗。早期诊断并及时进行手术干预，有助于避免病情进一步恶化，减少并发症的发生，提高治愈率。如果未能及时治疗，病情可能会逐渐加重，引发严重的并发症，增加治疗难度和风险，影响预后。
随着医学诊治水平的提高，包括更先进的影像学检查手段有助于早期准确诊断，以及手术技术的不断进步和围手术期管理的完善，新生儿消化道重复症的治疗效果已有明显改善。
