新生儿消化道重复症的病因较为复杂，目前尚不完全明确，但有多种学说可以解释其致病原因。以下是几种主要的学说：

1. 1.消化道再管道化学说：在胚胎早期，消化道再管道化的过程中，腔内空泡融合。如果有一部分空泡未能与肠腔完全融合，可能会发展成为重复肠道。这种情况可以发生在从小肠到结肠的任何部位
2. 2.胎儿期肠憩室残留学说：在胚胎早期，消化道会出现许多憩室样外袋，特别是在小肠的远端。这些憩室通常会逐渐退化并消失。如果在发育过程中某些憩室未能退化或被孤立，就会形成与肠道相通的管状或孤立的囊状肠重复畸形
3. 3.脊索分裂学说：在胚胎第3周，外胚层与内胚层之间形成脊索。如果外胚层与内胚层之间发生局部粘连，脊索在生长到粘连处时会分裂成两支，从粘连的两侧绕过并继续向头端生长。外胚层形成神经管，脊索被中胚层包围形成脊柱。由于外胚层与内胚层的粘连，肠壁会形成憩室，同时阻碍脊索形成椎体，导致椎体裂。如果憩室颈闭合，就会形成囊状肠重复畸形。这种情况常伴有脊柱畸形
4. 4.血管学说：近年来，许多学者支持这一学说，认为在胎儿肠道发育完成后，如果发生缺血性梗塞病变，可能会导致肠闭锁、肠狭窄及短小肠。坏死的肠管断片如果能够接受附近血管的营养，可能会自身发育成肠重复畸形。临床上，肠重复症常伴有肠闭锁或狭窄、短小肠的病例，支持这一解释
5. 5.尾端孪生畸形学说：少数病例中，存在与全结肠和直肠平行的长管状重复畸形，并且常伴有泌尿生殖器官的重复畸形，如双子宫、双阴道、双膀胱、双尿道、双外生殖器等。这种情况被认为是胚胎期后肠和尾端的异常发育所致

新生儿消化道重复症的病因是多方面的，可能涉及遗传、环境和生理等多种因素。这些因素相互作用，共同导致了消化道的异常发育。