黔东南苗族侗族自治州被称为“自治州”的原因主要与以下因素相关：

一、民族构成与自治依据

1. 主体民族占比

   黔东南州境内居住着苗族、侗族、汉族、水族、仡佬族等47个民族，其中苗族和侗族人口占绝大部分（苗族43.0%、侗族30.4%）。根据我国民族区域自治制度，在少数民族聚居且人口较多的地区设立自治州，黔东南因苗族、侗族为主导民族而得名。

2. 历史迁徙与聚居特点

   苗族是黔东南最早定居的民族，其历史可追溯至古代迁徙过程。侗族则与苗族共同构成该地区的主要民族群体，长期形成稳定的聚居格局。

二、行政区划命名规则

1. “地名+主要民族+自治州”结构

   贵州省下辖的黔南、黔西南、黔东南等自治州均采用此命名方式。例如，黔南以布依族、苗族为主体民族，黔西南以布依族、苗族为主，黔东南则以苗族、侗族为核心。这种命名方式体现了对少数民族文化的尊重和区域特征的表达。

2. 避免城市名称与州名重复

   若将黔东南改为凯里市、都匀市等城市名称，需同时更改自治州名称（如凯里苗族侗族自治州、都匀布依族苗族自治州），行政层级和名称体系将显得混乱。

三、法律依据与政策保障

根据《中华人民共和国民族区域自治法》，在少数民族聚居区设立自治州需经国家批准，并依据区域人口、文化等因素综合考量。黔东南的命名符合这一法律框架，既体现了少数民族权益保障，也符合省级行政区划管理的规范。

黔东南被称为“自治州”是民族构成、历史背景与行政区划政策共同作用的结果，既彰显了少数民族文化主体地位，也符合我国疆域治理体系。