先天性食管闭锁可能会有后遗症，常见的后遗症如下：

1. 吻合口相关问题
   • 吻合口狭窄：手术治疗后，吻合口处可能形成瘢痕组织，导致食管狭窄。患儿会出现吞咽困难、进食后呕吐等症状，严重时影响营养摄入。
   • 吻合口瘘：是较为严重的并发症，表现为局部的渗出、感染等，可导致局部感染、炎症等问题，影响伤口愈合和身体恢复。
2. 胃食管反流：手术后，食管和胃连接部位的抗反流屏障可能受损，导致胃酸反流至食管，引起烧心、反酸、胸痛等不适，长期反流还可能引起食管炎、Barrett 食管等病变。
3. 呼吸系统问题：如反复的肺部感染、支气管扩张等。这可能与食管闭锁时食管与气管之间的异常通道残留有关，也可能是因为食管反流物误吸入气道，刺激呼吸道引发感染。
4. 营养不良：由于吞咽困难、消化吸收不良以及手术前后营养摄入不足等原因，患儿可能出现营养不良，进而影响生长发育和身体健康。
5. 心理问题：先天性食管闭锁的治疗过程往往较为漫长，且可能对患儿的生活造成较大影响，容易使患儿产生心理问题，如焦虑、抑郁等。
6. 食管运动功能障碍：部分患儿术后可能出现食管蠕动异常，影响食物在食管内的传输，导致进食不适等症状。

不过，并非所有先天性食管闭锁患者都会出现后遗症，其发生与闭锁的类型、手术时机、手术方式、患者个体情况以及术后护理等多种因素有关。通过定期随访和适当的治疗，许多患者可以较好地控制后遗症，提高生活质量。