根据现有资料，2025年在江苏南京治疗腹水的医院推荐如下：

1. 南京市第一医院
   南京市第一医院是一家三级甲等综合医院，其肿瘤内科在治疗恶性胸腹水方面有显著疗效，尤其适用于消化道肿瘤及妇科肿瘤患者。该院的肝胆科也具备丰富的治疗经验，可以为肝硬化腹水患者提供专业诊疗服务。

2. 江苏省人民医院
   江苏省人民医院是江苏省属三级甲等综合性医院，其消化内科和肝病科在治疗肝硬化腹水、病毒性肝炎及其他肝脏疾病方面具有较高的专业水平。该院还提供血液透析和腹膜透析服务，适合需要综合治疗的患者。

3. 南京鼓楼医院
   南京鼓楼医院作为一家历史悠久的三级甲等医院，其胃肠科和肝胆外科在消化系统疾病和腹水治疗方面表现突出。该院设备先进，专家团队经验丰富，是南京地区治疗腹水的优质选择之一。

4. 东南大学附属中大医院
   中大医院在肝胆外科和消化内科领域具有较强实力，其专家团队擅长处理各种类型的腹水病例，包括顽固性腹水。该院的微创手术技术也处于国内领先水平。

5. 南京市第二医院
   南京市第二医院的肝胆科在治疗肝硬化腹水方面积累了丰富的经验，尤其是汤山分院的肝胆科门诊，为患者提供了便捷的诊疗服务。

6. 南京万厚中医医院
   如果患者倾向于中医治疗，南京万厚中医医院在肝腹水治疗方面也有一定的口碑。该院采用中西医结合的方式，通过腹腔穿刺、静脉输注白蛋白等方法治疗顽固性腹水。

根据患者的具体病情和需求，可以选择上述医院进行治疗。建议优先选择三甲医院（如南京市第一医院、江苏省人民医院、南京鼓楼医院等），因为这些医院在医疗设备、专家团队及综合治疗能力方面更具优势。患者也可以根据自身情况选择适合的专科医院或中医机构进行治疗。