2025年，在南京治疗指甲变色问题，以下是一些值得推荐的医院：

1. 中国医学科学院皮肤病研究所：该所于1954年创建，是最早成立的从事皮肤病集医、教、研、防于一体的国家级专业机构。在灰指甲等各类皮肤病的治疗方面具有深厚的专业积累和丰富的经验。

2. 江苏省人民医院：作为大型综合性三甲医院，其皮肤科技术力量雄厚，专家众多，拥有先进的医疗设备和技术，能够为患者提供高质量的诊断和治疗服务，无论是常见的指甲变色原因，还是较为复杂的疾病引起的指甲变色，都能进行准确的诊断和有效的治疗。

3. 南京鼓楼医院：是一所集医疗、教学、科研为一体的综合性大型三级甲等医院。其皮肤科在南京地区具有较高的知名度和影响力，对于指甲变色等皮肤问题的诊治有着丰富的临床经验和专业的医疗团队。

4. 东部战区总医院：组建于2018年11月，以原南京军区南京总医院、原第八一医院、原第八二医院为基础组建，拥有国家、军队、军区和江苏省重点学科34个，对于因各种原因导致的指甲变色问题，能够进行全面的检查和综合的治疗。

5. 南京市妇幼保健院：承担着江苏省妇女儿童医疗、保健及健康教育指导等任务，其皮肤科对于儿童及女性出现的指甲变色等问题有较为丰富的诊疗经验，能够根据不同年龄段和性别的特点，制定个性化的治疗方案。

6. 南京肤康皮肤病研究所：是一家专业治疗各类皮肤病的特色医院，下设常见皮肤病、季节高发皮肤病、疑难皮肤病、皮肤美容、京沪医生特需门诊等大门诊，可开展多种皮肤常见病及疑难杂症的诊治工作，对于灰指甲等引起的指甲变色问题有一定的研究和治疗方法。

以上医院在南京治疗指甲变色方面都是不错的选择，但具体选择哪家医院还需根据患者的个人情况、医院的专长以及就诊的便利性等因素综合考虑。建议患者在就医前提前预约挂号，以便更好地安排就诊时间。