2025年在江苏南京治疗肌肉酸痛，推荐以下几家医院：

1. 南京市中医院（南京市体育医院）
   南京市中医院是江苏省首家设立肌肉科的医院，专注于骨骼肌、心肌和平滑肌等肌肉病变的诊疗。该科室结合中西医方法，对肌肉酸痛及相关疾病有丰富的治疗经验，尤其擅长软组织伤痛和功能性疾病的治疗。

2. 南京鼓楼医院
   南京鼓楼医院是南京市重点专科医院之一，其骨科和疼痛科在治疗腰肌劳损、肩周炎、颈椎病等肌肉相关疾病方面具有较高水平。鼓楼医院还提供先进的康复设备和技术，如激光治疗仪和痉挛肌低频治疗仪。

3. 江苏省人民医院
   江苏省人民医院作为三级甲等综合医院，在骨科和疼痛科领域具有较强实力，尤其擅长复杂手术和微创治疗。对于慢性肌肉酸痛患者，该院能够提供个性化的治疗方案。

4. 南京医科大学第一附属医院
   该医院骨科是江苏省临床重点学科，擅长脊柱脊髓损伤、颈椎病、腰腿痛等疾病的诊治。其多学科诊疗团队能够为肌肉酸痛患者提供全面的医疗服务。

5. 南京银城康复医院
   作为一家非营利性康复医院，南京银城康复医院配备先进的康复设备，如智能步行训练系统和MRI设备，专注于运动损伤及肌肉酸痛的康复治疗。适合需要长期康复治疗的患者。

6. 南京市第一医院
   南京市第一医院骨科是国家临床重点专科，拥有丰富的诊疗经验，尤其在神经肌肉病和骨骼肌疾病方面表现突出。该院还设有重症肌无力专病门诊，可为肌肉酸痛患者提供专业咨询。

综合来看，南京市中医院因其专注于肌肉病变的治疗而特别适合肌肉酸痛患者；而南京鼓楼医院、江苏省人民医院和南京医科大学第一附属医院则在骨科和疼痛科领域具有较高的医疗水平，适合需要复杂治疗的患者。根据具体需求，患者可以选择适合自己的医院进行治疗。