以下是2025年江苏南京治疗月经不调比较好的医院：

1. 江苏省第二中医院：江苏省第二中医院（南京中医药大学第二附属医院、江苏省第二红十字中医院）是一所三级甲等中医院，医院临床科室齐全，开设了包括内、外、骨伤、妇、儿、针灸、推拿等26个临床科室。

2. 江苏省妇幼保健院：江苏省妇幼保健院（江苏省人民医院妇幼分院、江苏省妇幼卫生保健中心）是我省唯一的省级妇幼保健院，是一所集妇幼医疗、保健、科研、教学、康复及业务指导培训为一体的三级甲等妇幼保健机构。

3. 南京鼓楼医院：南京鼓楼医院（南京大学医学院附属鼓楼医院），建于1892年，为中国最早的西医院之一。目前床位3800张，在岗职工5000余人。重点学科方面医院不断深化学科内涵，培育和新建了一大批重点专（学）科。

4. 东南大学附属中大医院：近年来，与东南大学高水平学科交叉、集成，科研创新能力不断提升，取得一批国家级、标志性的科研项目和成果，课题经费、科研成果与高水平论文数量均创历史新高。

5. 东部战区总医院：医院着眼全面提升遂行多样化军事任务卫勤保障能力，加强战备质量建设，完善绿色救治通道，近年来出色完成了利比里亚维和、海地救援、赞比亚军援以及9.14汤山毒鼠强中毒、8.9氯气中毒、5.25重大交通事故、7.28南京爆炸事件、5.12汶川抗震救灾、8.2昆山爆炸事故等国际国内维和救援任务。

6. 江苏省中医院：江苏省中医院（南京中医药大学附属医院）创建于1954年10月，为全国首批成立的省级中医医院之一，医院共有5名专家入选，4位专家入选2017年首届全国百名名中医，4位专家荣膺国家岐黄学者。

以上这些医院都是在治疗月经不调方面有着丰富经验和专业技术的医疗机构。患者可以根据自己的实际情况和医院的专长选择合适的医院进行治疗。