近端（Ⅱ 型）肾小管性酸中毒如果未经及时有效治疗或病情控制不佳，可能会有一些后遗症，具体如下：
- 生长发育迟缓：常见于儿童患者。由于代谢性酸中毒以及电解质紊乱等，会影响患儿的营养吸收和骨骼生长，导致生长发育落后于同龄人，表现为身高增长缓慢、体重不增等。
- 骨病：
- 佝偻病：在儿童中较为常见，由于钙、磷代谢异常，影响骨骼的正常发育，可出现骨骼畸形，如鸡胸、漏斗胸、O 型腿、X 型腿等。
- 骨质疏松、骨软化：可见于成人和儿童，骨骼密度降低，骨质变软，容易发生骨折和骨痛，严重影响生活质量。
- 肾脏损害：长期的酸中毒和电解质紊乱可能会对肾脏造成慢性损害，影响肾脏的浓缩和稀释功能，甚至可能逐渐进展为慢性肾衰竭，不过这种情况相对较少见。
- 其他：部分患者可能出现继发性甲状旁腺功能亢进，导致钙、磷代谢进一步紊乱，加重骨病和肾脏损害。还可能因低钾血症导致肌无力、心律失常等，严重时可危及生命。
如果能早期诊断并进行积极有效的治疗，如纠正酸中毒、补充电解质、治疗原发病等，可显著改善患者的症状和预后，减少后遗症的发生。部分原发性近端（Ⅱ 型）肾小管性酸中毒患者随着年龄增长有自行缓解的可能，其预后相对较好。继发性者的预后则取决于原发病的控制情况。
