良性高血压性小动脉性肾硬化症可能会留下后遗症，主要包括以下方面：

1. 肾功能持续减退：即使经过治疗，肾脏功能可能也难以完全恢复到正常水平，会遗留一定程度的肾功能下降，如肌酐、尿素氮等指标异常。随着病情进展，可能逐渐发展为慢性肾衰竭，最终导致尿毒症，需要透析或肾脏移植治疗。

2. 蛋白尿持续存在：部分患者治疗后蛋白尿可能不会完全消失，持续的蛋白尿是肾脏损伤的重要标志，也会进一步加重肾脏负担，影响肾功能恢复。

3. 血压波动：由于肾脏等器官的损害，血压可能难以稳定控制，容易出现血压波动，而血压波动又会反过来加重肾脏等靶器官的损伤，形成恶性循环。

4. 心脑血管并发症风险增加：长期高血压会导致动脉粥样硬化，即使血压得到控制，已经存在的动脉粥样硬化病变也可能引发心脑血管疾病，如冠心病、脑卒中等。

5. 其他器官功能影响：高血压还可能引起其他器官的损害，如心脏的左心室肥厚、心功能不全，以及视网膜病变等。这些损害在高血压性小动脉性肾硬化症治愈后可能不会完全消失，从而影响患者的生活质量和健康状况。

总的来说，良性高血压性小动脉性肾硬化症经积极治疗后可在一定程度上缓解病情，但可能遗留上述后遗症，因此患者需要长期管理和随访。