先天性巨结肠的治疗效果总体较好，但不能简单地说绝对好治或不好治，其治疗难度与多种因素有关，具体如下：
- 疾病类型：先天性巨结肠可分为短段型、常见型、长段型、全结肠型、全肠型等。除全肠型巨结肠外，其他类型基本都可以根治。不过部分患儿可能需要多次手术，生活质量会受到一定影响。全肠型巨结肠无法根治，好在其发病率较低。
- 病情严重程度：痉挛肠段较短、便秘症状较轻的患者，通过灌肠、扩肛、使用缓泻药等保守治疗，就可能避免粪便在结肠内蓄积，控制病情。但对于病情较重、保守治疗无效，或存在严重并发症的患者，通常需要手术治疗。比如，有的患者因长期患病导致身体极度虚弱、营养状况差，或者病变肠段范围广、腹腔内情况复杂，手术难度和风险就会显著增加。
- 患者年龄：新生儿患先天性巨结肠，治疗难度相对较大。因为新生儿年龄小，身体各器官发育尚未成熟，肠道细小，手术操作空间有限，对手术精细度要求高，且免疫系统脆弱，容易并发感染，手术耐受性较差。
- 治疗时机：早期诊断和治疗对于先天性巨结肠患者至关重要。如果能在病情较轻时及时发现并治疗，无论是保守治疗还是手术治疗，效果通常都较好。若延误治疗，病情可能逐渐加重，引发严重并发症，如小肠结肠炎、肠穿孔等，会增加治疗难度，影响预后。
- 手术技术和医疗团队水平：随着医学技术的发展，先天性巨结肠的手术技术日益成熟，如荧光腹腔镜辅助肠系膜血管骨骼化精准治疗、机器人辅助下的腹腔镜微创手术等，大大提高了手术安全性、减少了手术并发症。经验丰富的医疗团队在手术操作、术后护理及并发症处理等方面更具优势，能够更好地应对各种复杂情况，提高治疗效果。
总体来说，先天性巨结肠的治愈率相对较高。大部分患者经过及时、规范的治疗，尤其是通过手术切除病变肠管，可以恢复正常的肠道功能，腹胀、便秘等症状消失，生长发育也会逐渐恢复正常。但也有少数患者可能出现术后并发症，如污便、吻合口狭窄、肠梗阻、营养不良等，从而影响治疗效果，甚至需要再次手术。
