新生儿衣原体感染的治疗通常首选红霉素。红霉素对衣原体感染非常有效，并且对于新生儿来说相对安全

1. 1.红霉素：口服：红霉素通常以口服形式给药，剂量为50mg/kg/天，分4次服用，疗程为2周静脉注射：对于口服困难或重症患儿，可以选择静脉注射红霉素，剂量为50mg/kg/天，分4次给药，疗程同样为2周
2. 2.阿奇霉素：阿奇霉素也是一种有效的选择，特别是对于那些不能耐受红霉素的患儿。阿奇霉素的半衰期较长，10mg/kg/天，1次/天，连用3天，疗效较好且对新生儿的副作用较小
3. 3.阿莫西林：如果患儿不能耐受红霉素或阿奇霉素，可以选择阿莫西林作为替代药物。阿莫西林的剂量为0.5g，3次/天，疗程为10天

对于衣原体感染引起的结膜炎，局部可以使用红霉素眼膏或氟哌酸眼药水来缓解症状

注意事项：

• 遵医嘱用药：所有药物的使用都应在医生的指导下进行，家长应严格按照医嘱给患儿用药，并注意观察患儿的病情变化。
• 对症治疗：除了抗生素治疗外，还应对症治疗，如使用退烧药、止咳药等，以缓解患儿的症状
• 眼部护理：对于眼部感染，可以使用红霉素眼膏或氟哌酸眼药水进行局部治疗

总结：

新生儿衣原体感染的治疗主要依赖于抗生素，红霉素和阿奇霉素是首选药物。如果患儿不能耐受这些药物，可以选择阿莫西林作为替代。治疗过程中应密切观察患儿的病情变化，并在医生的指导下进行规范治疗。