消化系统疾病伴发的精神障碍是一个复杂的病理过程，其形成涉及多个方面的因素。以下是对这一现象形成原因的详细分析：

1. 循环障碍：肝功能衰竭和门腔静脉之间手术分流或自然形成的侧支循环可能是其病理生理学基础。肝内及肝外门静脉之间的分流，使门静脉中的有毒物质绕过肝细胞，经侧支进入体循环而至脑部，引起脑功能紊乱。

2. 神经递质传递障碍：肝功能不全或门-体侧支循环的存在，使来自肠道的某些芳香胺类物质不能被排除，这些物质与去甲肾上腺素和多巴胺相似，产生竞争性作用，使神经突触传递发生障碍，影响脑干网状结构上行激活系统的活动，以致引起昏迷。

3. 氨中毒：肝性脑病时，血氨浓度增高，有人指出肝性脑病时脑脊液中的氨浓度比血液中的更高，氨可引起酸中毒，缺氧可使氨的毒素增加。有人观察肝性脑病时脑电图异常与氨的水平是同向的。但肝性脑病的发病机制仅用氨浓度增高来解释显然是不够的，因为肝性脑病血氨增高者只占80%。

4. 胺代谢障碍：胺代谢障碍与意识障碍有关，5-羟色胺（5-HT）增加可诱发昏迷，5-HT减少也可引起脑代谢障碍，肝性脑病时注射5-HT后，脑电图由慢波转为快波，5-HT减少时出现慢波。

5. 电解质代谢障碍：肝性脑病前由于各种原因引起的血钾降低、低镁等，可使病人迅速陷入昏迷或其他精神障碍。其他如氨基酸和硫醇代谢障碍也可能对肝性脑病的发生有重要影响。

6. 其他因素：消化道出血、感染、发热、饮酒和麻醉镇静剂的应用等因素均对精神障碍的发生有重要作用。心理因素如情绪不稳定、焦虑、抑郁等也可能在一定程度上影响精神障碍的发生和发展。

消化系统疾病伴发的精神障碍是由多种因素共同作用的结果。在预防和治疗这类精神障碍时，需要综合考虑患者的具体情况，采取综合措施进行治疗和护理。对于已经出现精神障碍的患者，应及时就医并接受专业治疗。