东单1331玉米种的最大缺点主要包括以下几点：

1. 种子较小：这使得在播种时，对土壤的要求相对较高。较小的种子意味着在生长初期，其对土壤的水分、养分和通气性的需求更为敏感。种植者需要在播种前对土壤进行充分的准备，包括施肥、翻耕和灌溉等，以确保种子能够顺利发芽并健康生长。如果土壤条件不佳，可能会导致种子发芽率低、幼苗生长缓慢，甚至影响最终的产量和品质。

2. 对环境因素敏感：东单1331玉米种在生长过程中对环境因素的变化较为敏感。特别是在干旱、高温或低温等极端天气条件下，其生长速度和产量可能会受到较大影响。干旱还会影响玉米的授粉和结实过程，导致穗小、缺粒和空秆等问题。而在高温或低温条件下，玉米的生长代谢过程会发生变化，导致生长迟缓、产量下降和品质变差。

3. 种植密度和施肥管理要求高：东单1331玉米种在种植密度和施肥管理上也存在一定的要求。种植密度过大或过小都会影响玉米的产量和品质。种植密度过大时，植株间的竞争会加剧，导致光照不足、通风不畅和病虫害加重；而种植密度过小时，则会浪费土地资源，降低单位面积的产量。在施肥管理上，如果施肥不足或过量，都会导致玉米生长受限或营养过剩，进而影响产量和品质。

4. 收获和加工难度大：由于该品种的玉米粒长得比较结实，果柄较硬，因此在手工脱粒时较为困难，需要借助机械设备进行加工处理。由于其茎秆较为粗壮，不利于收割和秸秆的回收利用。这些问题都会增加种植者的劳动成本和时间成本，影响经济效益的提高。

尽管东单1331玉米种具有早熟、高产和优质等优点，但其种子较小、对环境因素敏感、种植密度和施肥管理要求高以及收获和加工难度大等缺点也不容忽视。种植者在选择该品种时应充分考虑这些因素，并采取相应的措施来降低其对产量的影响。