肉孢子虫病的治疗需要根据具体病情和感染类型来选择合适的药物。以下是一些常用的治疗药物：

1. 磺胺嘧啶：这是一种广谱抗菌药，可用于治疗多种细菌感染，包括由肉孢子虫引起的感染。它通过抑制细菌的叶酸合成来发挥作用，对肉孢子虫有一定的抑制作用。

2. 复方新诺明：即复方磺胺甲恶唑，是一种磺胺类药物的复方制剂，具有广谱抗菌活性，对肉孢子虫感染也有一定的治疗效果。

3. 吡喹酮：是一种抗寄生虫药物，对多种寄生虫有杀灭作用，包括肉孢子虫。它能够干扰寄生虫的能量代谢，从而发挥抗虫作用。

4. 土霉素：属于四环素类抗生素，对肉孢子虫有一定的抑制作用，可用于治疗肉孢子虫病。

5. 磺胺喹恶啉：也是一种磺胺类药物，对肉孢子虫有较好的抑制效果。

6. 乙胺嘧啶：主要用于疟原虫、弓形虫等感染的治疗，与磺胺喹恶啉联合使用时，可增强对肉孢子虫的治疗效果。

7. 莫能霉素：是一种抗球虫药物，对肉孢子虫也有抑制作用。

8. 伯氨喹：常用于疟疾的治疗，也具有一定的抗寄生虫作用，对肉孢子虫病可能有一定的辅助治疗作用。

总的来说，在治疗肉孢子虫病时，应根据患者的具体情况选择合适的药物，并在医生的指导下使用。保持良好的个人卫生习惯和饮食卫生也是预防和治疗肉孢子虫病的重要措施。