冠状动脉异位起源的危害通常较大，可能导致以下严重后果：
- 心肌缺血和梗死：若冠状动脉起源于冠状窦外（如乳内动脉），走行于主、肺动脉之间，或起源于肺动脉，可因受压或左向右分流，导致心肌缺血或梗死。
- 心力衰竭：当冠状动脉异位起源导致心肌长期缺血、缺氧时，心肌细胞会出现损伤和功能障碍，心脏的收缩和舒张功能受到影响，进而引发心力衰竭。例如左冠状动脉异位起源于肺动脉，可使左心室心肌得不到足够的氧供，心功能逐渐下降，出现呼吸困难、乏力等心力衰竭症状。
- 恶性心律失常：心肌缺血、损伤会影响心脏的电生理活动，导致心律失常的发生。严重的心律失常如室速、室颤等，会严重影响心脏的泵血功能，甚至导致心脏骤停，危及生命。
- 晕厥：由于心脏供血不足，脑部血液灌注也会受到影响，导致短暂性脑缺血发作，引起晕厥。晕厥可能导致患者在日常生活中发生意外损伤，同时也提示病情较为严重，存在潜在的生命危险。
- 猝死：这是冠状动脉异位起源最严重的后果之一。冠状动脉受压、狭窄或心肌严重缺血、心律失常等情况，都可能在短时间内导致心脏骤停，引发猝死，尤其在剧烈运动、情绪激动等增加心脏负荷的情况下更容易发生。
不同类型的冠状动脉异位起源，危害程度有所不同。例如左冠状动脉异位起源于肺动脉，婴儿期若左右冠状动脉没有形成足够的侧支循环，早期肺血管压力下降，左冠状动脉供血不足，易导致心肌缺血、缺氧症状明显，1 岁以内死亡率可高达 90%；成人型虽左右冠状动脉可代偿性增粗并建立丰富的侧支循环，但晚期易引起劳力性心绞痛，约 90％的成人型患者在平均年龄 35 岁突然死亡。
