肠道病毒所致各系统感染多数情况下可以临床治愈，但难以完全根治。原因如下：

• 病毒特性：肠道病毒感染人体后，会在体内持续繁殖并引发免疫应答与炎症反应。即便部分患者可自愈，病毒仍可能潜伏在体内，在机体免疫力下降等适宜条件下再次激活，导致疾病复发。例如，一些手足口病患者在康复后，肠道病毒可能会在肠道等部位持续存在一段时间，当遇到劳累、感冒等情况时，有可能再次出现症状。
• 个体差异：不同个体感染肠道病毒后的表现和预后不同。老年人、儿童以及有基础健康问题者，由于免疫功能相对较弱，感染后病情可能进展迅速，出现严重并发症，如心肌炎、脑膜炎、呼吸衰竭等，治疗难度较大，且可能会留下神经系统损伤等长期后遗症，影响生活质量，进一步增加了根治的难度。
• 治疗手段：目前针对肠道病毒感染所致各系统感染，主要是一般治疗和对症治疗，缺乏有效的抗病毒药物。一般治疗包括注意休息、保证能量摄入、维持水电解质平衡等。对症治疗则是针对患者出现的发热、疼痛、呕吐等症状进行相应处理，如使用退烧药、止惊药、脱水剂等。在严重情况下，可使用静注免疫球蛋白提高机体免疫力、中和病毒。通过这些治疗手段，大多数患者的症状可以得到缓解，病情得到控制，达到临床治愈，但难以将体内的肠道病毒完全清除。

不过，也有部分肠道病毒感染是自限性的，患者自身的免疫系统能够在一段时间内控制并清除病毒，实现病情的自愈。例如，一些轻型的疱疹性咽峡炎患者，在一周左右即可自行恢复。