肠球菌肺炎的处理方法如下：

1. 一般治疗：注意休息，保证充足的睡眠，避免过度劳累。合理膳食，加强营养支持，补足热量，给予高蛋白饮食，多吃新鲜蔬菜水果，适量多饮水，以提高身体抵抗力。
2. 原发病治疗：积极诊治基础疾病，如慢性阻塞性肺疾病患者需抗炎、解痉平喘；糖尿病患者注意调控血糖及处理并发症等。
3. 药物治疗：由于肠球菌对多种抗生素耐药，应根据药敏试验结果选择敏感抗生素。常用药物包括青霉素和氨苄西林，对大多数肠球菌有效，尤其是粪肠球菌，副作用小、价格便宜，可作为首选，但近年来耐药趋势逐渐增高，使用时需结合药敏结果。多肽类药物如万古霉素、替考拉宁等对敏感肠球菌疗效显著，但需注意耐万古霉素肠球菌的情况。利奈唑胺可用于耐万古霉素肠球菌感染，疗效较好。喹诺酮类药物可杀灭包括肠球菌在内的大多数革兰阳性球菌，但耐药率已达 40%，也需根据药敏选用。
4. 营养治疗：对于病情严重者，合并脓毒症等，评估患者营养状况，尽早给予肠内、肠外营养。
5. 其他治疗：引流气道分泌物，保持呼吸道通畅。根据患者血氧情况选择合适的氧疗，如鼻导管吸氧、面罩吸氧等。若患者病情恶化，出现呼吸衰竭，评估病情后及时给予机械通气，如无创正压通气或有创正压通气。若仍不能有效改善病情，可考虑给予体外膜肺氧合治疗。保持血流动力学稳定，控制血糖，预防应激性溃疡，维持其他器官的功能。