以下是新疆克州可以治疗腋下疼痛的医院：
- 克州人民医院：是克州的综合性医院，其皮肤性病科在 “组团式” 援疆的支持下逐渐发展壮大，能开展皮肤科常见病、多发病的理化治疗，拥有先进的医疗设备。腋下疼痛可能涉及皮肤科相关疾病，如皮肤感染、带状疱疹等，该科室可以进行诊断和治疗。医院的普外科等科室对于腋下疼痛涉及到的乳腺疾病、淋巴结疾病等也有相应的诊疗能力。
- 阿图什市人民医院：是一所集医疗、保健、康复、预防、教学、计划生育等为一体的二级甲等综合医院。医院设有多个临床科室，如普外科等，可以对腋下疼痛进行初步诊断和治疗。对于一些常见的导致腋下疼痛的原因，如腋下淋巴结炎、副乳等，有一定的诊疗经验和技术手段。
- 克州维吾尔医医院：是二级甲等民族医医院，以骨科、妇科、康复科为重点，采用维西医相结合的诊疗方法，对治疗各种骨科、内科、妇科、肛肠等疾病具有独特的疗效。虽然没有明确提及专门针对腋下疼痛的特色科室，但对于一些与风湿、类风湿关节炎等相关的腋下疼痛，以及通过维吾尔医整体调理可能对某些原因导致的腋下疼痛有一定的辅助治疗作用。
2025 年克孜勒苏中医医院新院预计投入使用。作为中医医院，可能会从中医角度对腋下疼痛进行辨证论治，采用中药、针灸、推拿等方法进行治疗。
