小儿烟酸缺乏病晚期会出现皮肤、消化道、神经系统等多系统症状：
- 皮肤症状：皮肤损害较为严重，除了早期的红斑等表现外，慢性病例或反复发作者皮肤会明显变厚，过度角化，并有裂隙，有的还会产生胼胝，常见于膝盖、肘、足跟部位。病情严重时皮疹可弥漫全身，皮脂腺及毛囊枯萎，皮肤干燥、脱屑，失去弹性，色素沉着显著。
- 消化道症状：除了常见的食欲不振、恶心、呕吐等，舌炎会进一步发展，全舌发红似鲜牛肉色，最后萎缩，舌上皮如脱落则呈地图舌。口腔黏膜溃疡加重，齿龈肿胀明显。腹泻较为严重，大便呈水样或糊状，量多、有恶臭，有时甚至带血，还可能伴有腹痛、腹胀等腹部不适症状，由于胃肠充血和溃疡，消化道出血的情况也可能出现。
- 神经系统症状：早期的烦躁、睡眠不安等症状会逐渐加重，发展到精神忧郁，注意力不集中，情绪变化无常，定向消失，失眠，谵妄，甚至精神完全错乱或痴呆。还可能出现感觉系统的改变，如畏光及对颜色、噪音难忍受，有味觉的异常，手足可有烧灼感、麻木及麻痹等周围神经炎症状，腱反射早期亢进，晚期消失。
- 泌尿生殖系统症状：女性患儿可有阴道炎及月经失调、闭经；男性患儿排尿时有烧灼感，有性欲减退。
严重的小儿烟酸缺乏病还可能出现水肿，首先出现在身体低垂部位，如足踝处，随着病情进展可蔓延至全身。如果不及时治疗，可能会危及生命。
