遗传代谢病的晚期症状因具体疾病类型和病程进展存在差异，但综合多类疾病的发展规律，其常见晚期表现可归纳如下：

一、神经系统损害

1. ‌智力退化与发育倒退‌：表现为已获得的认知能力逐渐丧失，如语言能力、记忆力和学习能力显著下降‌。
2. ‌持续性神经系统异常‌：包括频繁抽搐、癫痫发作、昏迷及运动功能障碍（如肌张力异常、共济失调）‌。

二、代谢紊乱相关症状

1. ‌顽固性代谢性酸中毒‌：表现为反复呼吸深快、意识模糊，血气分析显示乳酸持续升高‌。
2. ‌高氨血症危象‌：可引发脑水肿、呕吐、嗜睡甚至昏迷，多发生于氨基酸代谢障碍类疾病‌。

三、器官器质性损害

1. ‌肝脾肿大及肝功能衰竭‌：常见于代谢性肝病晚期，伴随黄疸、凝血功能障碍，严重者出现腹水和肝性脑病‌。
2. ‌骨骼及皮肤异常‌：包括骨骼畸形（如黏多糖病的关节僵硬）、皮肤干燥脱屑、特殊色素沉着（如白化或异常黑化）‌。

四、全身性功能衰退

1. ‌生长发育停滞‌：表现为严重身材矮小、体重不增，骨骼年龄显著落后于实际年龄‌。
2. ‌多系统衰竭‌：如顽固性低血糖、电解质紊乱（如先天性肾上腺皮质增生症的盐失衡）、慢性贫血（地中海贫血的进行性加重）‌。

五、特殊体征

1. ‌特殊面容固定化‌：如黏多糖病的头大、前额突出，甲状腺功能减退的黏液性水肿面容‌。
2. ‌特征性体味‌：如苯丙酮尿症的鼠尿味、枫糖尿症的焦糖味持续存在并加重‌。

‌注‌：上述症状通常伴随生化指标显著异常（如血氨>200μmol/L、持续低血糖<2.2mmol/L）。晚期症状具有不可逆性，需通过新生儿筛查和早期干预降低发生风险‌。