黑土地保护利用存在的问题主要包括以下几个方面：
1. 黑土层变薄，有机质含量下降
长期的高强度耕作和不合理的耕作方式导致黑土层变薄，有机质含量下降。黑土层厚度由开垦初期的60厘米下降到目前的平均30厘米，有些耕地甚至出现“破皮黄”。土壤有机质含量由20世纪50年代开垦前的80-100克/千克下降到25-30克/千克。
2. 土壤侵蚀严重
水土流失问题一直是东北黑土质量下降的主要原因之一。黑土地水土流失以风侵和水侵为主，水侵占绝大部分，尤其以松嫩平原的水侵最为严重。水土流失导致可耕层不断变薄，黑土层仅为5cm左右。
3. 土壤酸化、盐碱化、重金属污染等问题加重
长期的农业生产导致东北地区黑土有机质下降到2%～3%，导致黑土的生产力不断下降。化肥农药的大量施用导致土壤耕层结构破坏、土壤板结加剧，土壤酸化、盐碱化、重金属污染等问题加重。
4. 非法占用黑土耕地问题突出
部分地区存在大量“未批先建”违法占用黑土耕地问题，大量黑土耕地甚至永久基本农田遭到破坏。
5. 侵蚀沟治理任务推进滞后
侵蚀沟是东北黑土区水土流失的典型表现形式，直接导致黑土地数量减少、土层变薄。部分地区推动侵蚀沟治理缺乏主动作为，“等靠要”思想严重；没有形成综合治理的协调机制，有关部门各自为战、缺乏统筹。
6. 表土剥离落实不到位
部分地区对非农业建设项目所占用耕地的耕作层土壤未进行剥离，导致大量黑土资源没有得到有效再利用。
7. 对黑土地保护极端重要性的深刻认识不足
部分地区缺乏对黑土地保护极端重要性的深刻认识，推动建设项目违法占用黑土耕地，落实黑土地保护相关措施敷衍应对、流于形式。
8. 监管缺失，执法不严
部分地区对黑土地保护相关问题的监管缺位，有法不依、执法不严。
9. 农田基础设施建设滞后
东北黑土区农田基础设施，多数是20世纪80年代建设的，已经满足不了当前农业生产需要，防水防风能力低，水蚀和风蚀经常发生，导致黑土层逐年变薄，土壤质地变粗，严重的导致沙化。
10. 种植结构单一，土壤养分失衡
东北黑土区以种植玉米为主要作物，玉米连作现象普遍，导致土壤中某些营养元素缺失，造成土壤养分失衡，综合肥力降低。
11. 有机肥料施用量少，秸秆还田量不足
黑土区有机肥料施用量非常少，一些地块已经十几年甚至几十年没有施用过有机肥料，而且农作物秸秆还田率也非常低，这种耕作方式必然加速土壤有机质的耗竭。
这些问题的存在，严重威胁了黑土地的可持续利用和国家的粮食安全。采取有效的措施来保护和利用黑土地资源显得尤为重要。
