医疗卫生机构违反《医疗废物管理条例》可能会受到以下处罚：
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警告：医疗卫生机构在运送过程中丢弃医疗废物，在非贮存地点倾倒、堆放医疗废物或者将医疗废物混入其他废物和生活垃圾的；医疗卫生机构将医疗废物交给未取得经营许可证的单位或者个人收集、运送、贮存、处置的；医疗卫生机构未按规定对污水、传染病病人或者疑似传染病病人的排泄物，进行严格消毒，或者未达到国家规定的排放标准，排入污水处理系统的；医疗卫生机构对收治的传染病病人或者疑似传染病病人产生的生活垃圾未按照医疗废物进行管理和处置的，由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门或者环境保护行政主管部门按照各自的职责责令限期改正，给予警告。
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罚款：医疗卫生机构在运送过程中丢弃医疗废物，在非贮存地点倾倒、堆放医疗废物或者将医疗废物混入其他废物和生活垃圾的；医疗卫生机构将医疗废物交给未取得经营许可证的单位或者个人收集、运送、贮存、处置的；医疗卫生机构未按规定对污水、传染病病人或者疑似传染病病人的排泄物，进行严格消毒，或者未达到国家规定的排放标准，排入污水处理系统的；医疗卫生机构对收治的传染病病人或者疑似传染病病人产生的生活垃圾未按照医疗废物进行管理和处置的，由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门或者环境保护行政主管部门按照各自的职责责令限期改正，给予警告，并处5000元以上1万元以下的罚款；逾期不改正的，处1万元以上3万元以下的罚款。
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暂扣或者吊销执业许可证件：医疗卫生机构在运送过程中丢弃医疗废物，在非贮存地点倾倒、堆放医疗废物或者将医疗废物混入其他废物和生活垃圾的；医疗卫生机构将医疗废物交给未取得经营许可证的单位或者个人收集、运送、贮存、处置的；医疗卫生机构未按规定对污水、传染病病人或者疑似传染病病人的排泄物，进行严格消毒，或者未达到国家规定的排放标准，排入污水处理系统的；医疗卫生机构对收治的传染病病人或者疑似传染病病人产生的生活垃圾未按照医疗废物进行管理和处置的，造成传染病传播或者环境污染事故的，由原发证部门暂扣或者吊销执业许可证件或者经营许可证件。
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刑事责任：构成犯罪的，依法追究刑事责任。
医疗卫生机构必须严格遵守《医疗废物管理条例》，否则将面临上述处罚。
