药店刷医保卡是否合法，需根据具体操作是否合规及药店资质综合判断，具体分析如下：

一、合法合规的情况

1. 医保定点资格

   药店需取得医保定点零售药店资格，需具备合法经营许可、药品存储管理规范等资质。

2. 药品目录内交易

   仅限医保目录内的药品可通过医保卡支付，超出目录的药品需自费。

3. 规范操作要求

   • 需通过医保部门认可的扫码设备完成交易，系统自动核验药品信息；

   • 需保存完整的交易记录和视频监控，便于事后稽查。

二、违法操作的情况

1. 违规套现或串刷

   通过虚假交易、重复刷卡等方式套取医保资金属于违法行为，可能面临罚款、解除服务协议等处罚。

2. 拒刷合规药品

   若药店明确拒绝刷卡合规药品（如自费药），可能涉及服务协议违约，但需符合医保政策规定。

3. 管理不善导致盗刷

   若因药店未严格核验身份、监控缺失等原因导致盗刷，药店需承担相应责任。

三、参保人注意事项

1. 交易前确认

   购药前应主动告知店员使用医保卡，并核对药品价格及票据，避免因误会或系统故障导致多刷。

2. 异常情况处理

   若发现医保卡金额异常，应及时与药店核对，确认是否为盗刷并及时举报。

3. 权益保护

   若因药店违规操作受损，可通过医保部门投诉或法律途径维权。

总结

药店刷医保卡本身不违法，但需在医保定点资质、药品目录范围内，并严格遵循操作规范。若存在违规行为，不仅药店需承担法律责任，参保人也可通过合法途径维护自身权益。