在商业交易中，计税金额与合同金额不一致的情况较为常见，主要涉及不同税种的计算规则和政策要求。以下从原因、法规依据及处理方式等方面进行说明：

一、原因分析

1. ‌增值税处理差异‌

   • 对于房地产交易，若适用一般计税方法，契税计税依据需将合同金额换算为不含税价格（合同价格除以1+9%或1+5%）‌。购房合同中的总价通常含税，而契税计税金额不含增值税，导致两者差异‌。
   • 示例：合同金额为109万元（含9%增值税），契税计税依据为100万元（109万÷1.09）‌。

2. ‌印花税调整规则‌

   • 若合同签订后实际结算金额变化，根据规定：
     • 未变更合同金额的，按原合同金额计税；
     • 变更合同金额的，以变更后金额为计税依据，多退少补‌。

3. ‌面积误差调整‌

   • 商品房实测面积与合同面积误差超过3%时，需按实际面积调整房价款，契税计税金额随之变化‌。

4. ‌非法操作风险‌

   • 签订“阴阳合同”（如二手房交易中低报成交价）可能导致计税金额低于实际交易金额。但税务机关会依据评估价核定计税金额，从而与合同金额不符‌。

二、法规依据

1. ‌契税‌

   • 依据《财税[2016]43号》，契税计税价格为不含增值税的成交价格‌。
   • 民法典规定合同需明确价款条款，但计税金额需遵循税收政策‌。

2. ‌印花税‌

   • 《财政部税务总局公告2022年第22号》明确合同金额与实际结算金额的调整规则，要求补缴或退还差额税款‌。

三、处理建议

1. ‌合法差异情形‌

   • 因增值税、面积误差等政策允许的差异，保留相关凭证（如契税发票、面积测绘报告）即可，无需额外处理‌。

2. ‌非法操作情形‌

   • 若发现开发商或交易方通过“阴阳合同”虚报价格，应及时向税务机关举报，避免承担偷税连带责任‌。

3. ‌主动调整申报‌

   • 合同金额变更后，需按规定补缴或申请退还印花税差额‌。
   • 示例：原合同金额100万元已缴印花税，变更后金额为120万元，需补缴20万元对应税款‌。

综上，计税金额与合同金额的差异需区分合法政策因素与非法行为。交易双方应确保合同条款与税收申报一致，必要时咨询税务机关或法律专业人士‌。